מטרת הביקורת הפנימית היא לסייע להנהלה לשפר את נהלי העבודה בארגון וכן לזהות ולהעריך את הסיכונים בארגון ולהציע כלים לשיפור הבקרות לצורך צמצום הסיכונים. התמוטטות של חברות רב לאומיות בשנים האחרונות, כתוצאה מכשלים בבקרות הניהוליות, הביאה לעליה בחשיבות המיוחסת לביקורת הפנימית ולחקיקה מחייבת במדינות רבות לגבי הצורך והתפקוד של המבקר הפנימי.
בישראל מעוגנת פונקצית הביקורת הפנימית בגופים ציבוריים בחוק הביקורת הפנימית, התשנ"ב- 1992. בגופים פיננסיים, בחברות ציבוריות, ובגופים נוספים נידרש מינוי מבקר פנימי מכוח החוקים המסדירים את פעולתם.
תחומי הפעילות כוללים, בין היתר, את הנושאים הבאים:

•מתן שירותי ביקורת פנים.

•ביצוע סקר סיכונים.
•ביצוע סקר מעילות והונאות.
•ביקורת שכר עבודה וכוח אדם.
•ביקורת מלאי.
•ביקורת רכש.
•ביקורת יעילות מגזרי פעילות.
•ביקורת ציי רכב.
•ביקורת בטיחות. לרבות עמידה בהוראות פקודת הבטיחות בעבודה (נוסח חדש), חוק ארגון הפיקוח על העבודה ותקנות הבטיחות בעבודה.
•ביקורת מערכות ממוחשבות D.R.P.
•עריכת ביקורות תקופתיות, חד פעמיות או אד-הוק.